职能部门

研究室

中心

所属企业

委托管理单位

挂靠单位

所办公室（党委办公室、基建办）

人事劳动教育处

财务与资产处

科技与国际合作处

纪委办公室

综合服务中心

水旱监测与预警研究室

水文水环境监测研究室

水资源监控研究室

工程安全监测监管研究室

工程自动化研究室

水利信息化研究室

设计咨询研究室

研究中心（防灾减灾技术与装备研究中心）

中试推广中心

标准计量研究中心

江苏南水科技有限公司

南京水木清华设计有限公司

水利部水文仪器及岩土工程仪器质量监督检测中心

国际水文标准组织TC113中国专家组办公室

全国能源资源计量技术委员会水资源计量分委员会

水利部水文水资源监控工程技术研究中心

江苏水利信息化专委会