●先后将原有分散的水利工程自动化研究室、水利机械自动化研究室、大坝安全监测研究室等10多个科研实体，整合成水情遥测、大坝安全监测、水文监测、水资源与水生态4个“事业部”。

　　●2004年1月南自所及所属单位获得了IS9001质量管理体系认证证书。

　　●2006年11月“水利部水文水资源监控工程技术研究中心”正式挂牌成立，依托南自所，是我国水文水资源监控工程技术研究的平台。

　　●2009年南自所的隶属关系发生了变化，水利部决定由部水文局划归南科院管理。

　　●南自所成功研制的“雨量计”“流速仪”被列入“水利部科技成果重点推广计划”和《水利先进实用技术重点推广指导目录》，在国内、国际市场得到了广泛的推广应用，取得了良好的经济效益和社会效益。

　　●2001年南自所承担了“五岸灌区水管理自动化系统”建设，该系统在水利部鉴定会上获得高度评价：“总体上达到了国内领先水平，在扩频通信(无线网桥)应用技术方面，达到国际先进水平。

　　●《大型多孔闸远程监控技术集成研究》2003年获得福建省科学技术二等奖，陆续成功应用于新疆伊犁喀什河灌区、江苏三河闸、福建泉州金鸡栏河闸、黑龙江北部引嫩等多个闸群的实时监控系统。

　　●南自所与美国RDI公司、德国SEBA公司、美国HACH公司进行了广泛地技术合作，引进、吸收再创新的产品和技术有国外合作电子地图、“RTDM超声波在线流量监测仪”“横向H-ADCP流量系统测流软件”“气泡式水位计”等。从2004年起共引进推广走航式ADCP产品210套、水平式H-ADCP112套。有力地提升了我国水文技术装备水平。

　　●南自所研发成功的响水堡水质水量监测系统、北京官厅水库、潘家口水库、苏州西塘河、太湖局贡湖水质站、湖北汉江、河南武陟、泉州石砻、四川都江堰、福建西溪、江苏东台、大溪、沙河、上海苏州河、淀山湖、江苏水文局水质监测系统共56个，占水利部门水质站总数的50%以上。

　　●南自所承建的水利部“948”项目“DG-2002F型大坝安全(渗流)分布式光纤传感器自动监测系统”填补了国内空白。“国际跨境河流典型山体滑坡(崩塌)堵江水文极值事件应急实验研究”项目为我国处理类似自然灾害积累了比较成功的经验，为我国与周边国家在水资源与环境领域的外交谈判提供了决策依据。两个项目分别获得大禹水利科学技术奖三等奖。

　　●2003年，与国家防汛抗旱总指挥部办公室等单位联合研制的“全国水库洪水调度决策支持系统工程”项目，荣获“国家科技进步二等奖”。

　　●2008年～2010年南自所完成“948”计划“恶劣自然条件下水文测报技术”项目，获得国家实用新型专利，为高海拔地区水文测报、无人值守提供了技术保障。

　　●2009年2月～2009年4月完成水利部下达的“雅鲁藏布江古玉山体滑坡水文应急自动监测”项目，为保护下游地区人民生命财产安全，提供了资料和决策依据。2009年5月获水利部明电嘉奖。

　　●2009年2月，根据水利部“墨脱县堰塞湖应急处置方案”的要求，南自所奉命建立该地区的水文监测体系。南自所完成了水文应急自动监测设备安装调试任务，数据采集和传输正常，起到了应急监测的作用。

　　●南自所承建的紫坪铺水情自动测报系统，在2008年“5.12汶川大地震”中发挥了巨大作用。在其他系统全部瘫痪，紫坪埔系统为地震后的抢险提供了及时的第一手数据，得到了紫坪铺公司和四川省灾后重建办的表扬。

　　●2010年经水利部和国家新闻总署批准，将南自所1983年创刊的《水利水文自动化》期刊，更名为《水利信息化》(双月刊)，并由水利部副部长胡四一任编委会主任。该期刊主管单位为水利部、主办单位为南自所。