●1993年，能源部被撤销，成立电力工业部，南自所属水、电两部共管。内设机构：所办公室、科研办公室、总工程师办公室、人事科、财务科、保卫科、教育科、技术信息部、标准质检室、供应科、仪表设备科、后勤服务部、第一研究室至第十一研究室、工艺结构研究室、试制工厂、培训中心、水文仪器质检中心、一个分所。

　　●1996年9月18日，水利部机械与电力部机械局分家，原属水、电两部共管的，明确划归水利部管理。内设机构：综合处(所办公室、财务科、人事科、汽车队、培训中心、多经办)、科研计划处(科研办公室、市场开发部、仪表设备科、技术监督处)、政工处(党委办公室、团委、工会、保卫科、后勤处、深圳分所、大坝分所、遥测分析、环境监测仪器分所、第二研究室至第九研究室、试制工厂、水文仪器质检中心)。

　　●2000年4月15日，南自所由水利部机械局划归水利部水文局管理。

　　●2001年由科学技术部、财政部、中央编办联合发文，将南自所转变为科技型企业。

　　●完成纵横向项目478项;荣获各类科技进步奖45项。

　　●1992年初，南自所组织对水利自动化领域STD总线技术的研究和攻关，并成功应用到福建九龙江北溪引水工程水情测报系统中。

　　●按照“全国水文卫星应用规划”，南自所研制出全国水利水电行业中第一个卫星通信遥测系统，并于1996年在四川龚咀水电厂投入运行获得成功。南自所研制的《无人水文站测报系统技术》，荣获联合国技术信息促进系统中国分部颁发的“发明创造科技之星奖”。

　　●1993年初，南自所组建了大坝安全分所，研发成功一系列具有自主知识产权和多项技术专利的新型大坝监测仪器、软件。其中“分布式大坝应力温度及变型监测系统”在国内为首创，该系统于1997年荣获水利部科技进步二等奖;1998年荣获国家科技进步三等奖，并获得科技部科技创新基金资助。

　　●1994年与越南水文局签订近30万美元的《流速仪检定成套设备》合同。于1997年出口越南，并一次性投运成功。

　　●1995年初，组建了环保仪器分所，研发成功了一系列具有自主知识产权的新产品，EKL-3型全自动缆道测流系统装置的研发成功，开创了我国缆道自动测流的先河，为我国缆道自动化技术的发展作出了突出贡献。

　　●1996年前后先后承建多项国家“948”重大项目，广西“青狮潭灌区节水增产自动监测技术”标志南自所灌区信息化建设逐步走向成熟;浙江省“大型水库卫星联网防汛抗旱优化调度系统”完善了省级水情信息共享技术;江苏省“江都大型泵站计算机监控系统”获得成功，实现了对大型泵站“无人值守，少人看管”，处于国内领先水平，为大型泵站自动化提供了样板，系国内首创，被科技部定为“国家科技成果重点推广计划项目”。党和国家领导人胡锦涛、朱镕基、温家宝先后分别亲自实地操作。

　　●南自所与澳大利亚DE公司合作研制生产水位雨量固态存储器。从1998年至2001年，南自所提供了7600套水文固态存储器，统一分配到全国各流域和重点水文测站使用，把我国水文测验技术推进了一大步。

　　●1999年南自所与美国SUTRON公司合作研制成功WQC-1型气泡式水位计。此后南自所自行研发了控制器替代进口，共推广400台/套。WQC-1型气泡式水位计成功推广为我国无测井水位观测又增添一个先进的新品种。

　　●南自所研制的BB-1型玻璃钢百叶箱，通过国家气象局新产品鉴定，被国家气象局列为换代产品。ELC型巡测车得到水利部政策性补贴和推广应用。

　　●分别组建了全国水文仪器质量检验测试中心、全国标准化委员会水文仪器分技术委员会、国家技术质量监督局全国工业产品生产许可证办公室水文仪器及岩土工程仪器生产许可证审查部。水文仪器标准化委员会自成立以来，制定了国家、行业标准及企业标准74项，获得了国家技术质量监督局颁发的《全国技术监督先进单位》荣誉称号，并多次受到水利部、国家技监局的表彰。

　　●1999年2月，南自所研制的JDZ05(02)-1型翻斗式雨量传感器120台/套批量出口马来西亚。我国水文仪器首次超百台出口。随后水文仪器陆续出口到美国、东南亚、欧洲、拉丁美洲等国家和地区，截止2011年，前后共出口1850台/套。