1940年，国民政府经济部在中央水利试验处成立“水工仪器制造实验工厂”。

1962年，水电部批准成立“南京水文仪器研究室”。

1981年3月，水利部批准成立“水利部南京水利水文自动化研究所”。

1982年，由研究所自主研发的国内第一套水情测报系统成功安装运行于广东西枝江流域。

1995年11月，全国政协副主席钱正英视察研究所。

1995年11月，水利部部长钮茂生视察研究所。

1998年，“分布式大坝应力温度及变形监测系统”获国家科技进行三等奖。

1999年9月和2005年10月，水利部部长汪恕诚两次视察研究所。

2003年“全国水库防洪调度决策支持系统工程”获国家科技进步二等奖。

2004年，胡锦涛总书记视察江苏江都水利枢纽，并亲自操作由研究所开发完成的“江都大型泵站计算机监控系统”。

2005年4月，水文仪器及岩土工程仪器检验测试调试大楼落成。

2006年5月，水利部批准成立以研究所为依托的“水利部水文水资源监控与调度工程技术研究中心”。