●1982年3月，水、电两部合并成水利电力部，6月水电部明确南自所隶属水利电力部。内设机构：所办公室、科研办公室、经营开发部、教育科、财务科、总务科、基建办公室、党委办公室、实验工厂和第一研究室至第七研究室。

　　●1988年水利电力部分成水利部、能源部，南自所系两部共管。内设机构：所办公室、科研办公室、总工程师办公室、人事科、财务科、保卫科、教育科、技术信息部、供应科、仪表设备科、后勤服务部、第一研究室至第十一研究室、工艺结构研究室、水利部水文仪器质检中心、试制工厂、培训中心、一个分所。

　　●1980年1月～2000年4月，南自所由水利部机械局管理。

　　●建成了总面积为24000多平方米建筑设施;各类专业科技人员从1981年的56人增加到了246人;检测仪表和各类设备，从1981年的20多台/套，增加到了545台/套。

　　●完成了天津于桥水库水情自动测报系统的建设;提出了组建国家防汛抗旱指挥系统建议;先后完成全国水电站近一半以上的水情自动测报系统的建设;新研发成功了以水情自动测报系统为代表的13种各类水利水文自动化系统。

　　●完成科研课题200多项，新研发水文传感器60余项，获部、省级科技奖12项，所内鉴定验收成果115项;制订国标8项、行标14项、企标15项;为全国水文系统培训了一大批水文科技专业人才……。

　　●创造了16项全国“第一”和“率先”。如“率先”将计算机技术运用到全国第一套50点喷灌、150点滴灌大型喷滴灌效率测试系统上;全国第一家将自主开发研制的水文自动测报系统成功投运于广东西枝江;“率先”将我国第一条800兆多路水利通信系统在海河水利委员会和国家防办之间开通，等等。

　　●出版各种书籍20余种，刊物三种，共出版58期。发表学术论文470多篇，正式出版科技文字资料700多万字。先后组团去英、美等10多个国家进行考察和学术交流，接待了近20个国家代表团、科技人员来所考察和学术交流。

　　●南自所已成为一个由多学科组成的从事水文仪器和水利水文自动化系统研制的专业研究所。在1991年召开的全国水利系统科研院所大会上，部领导誉称南自所是水利部科研院所中“四小龙”之一。